La gouvernance de CAP 20-25 est organisée à un double niveau : un niveau décisionnel et stratégique qui rassemble les partenaires du consortium CAP 20-25, et un niveau opérationnel qui réunit les responsables des axes stratégiques et programmes transverses sous la direction de Pierre Schiano, responsable du projet CAP 20-25, en présence de l'équipe de direction.