Appel à thèses - Challenge 1 - Le microbiome du sol

Description de la Thèse et de son contexte :

Avec le riz et le maïs, le blé fait partie des trois principales espèces végétales cultivées dans le monde et notamment en France, avec plus de cinq millions d’hectares dédiés à cette culture. Cette culture est soumise à une forte pression parasitaire, avec des microorganismes pathogènes à même d’attaquer la plante à tous les stades de son développement. Les deux principaux leviers utilisés aujourd’hui sont les produits phytosanitaires et les variétés résistantes ou tolérantes. Or, ces leviers trouvent leurs limites avec le développement de souches résistantes aux produits phytosanitaires et le contournement plus ou moins rapide des gènes de résistance présents dans les variétés cultivées. Dans le contexte de la transition agroécologique, il devient urgent de développer de nouvelles stratégies permettant d’assurer une gestion efficace et durable de la pression parasitaire, tout en préservant l’environnement. L’utilisation du microbiome, et particulièrement des communautés de champignons et de bactéries non pathogènes qui le composent, représente une de ces solutions alternatives. S’il a été clairement démontré que tout ou partie de ces communautés microbiennes étaient capables de stimuler la croissance des plantes et d’améliorer leurs réponses à des stress biotiques ou abiotiques, les interactions entre la structure et le fonctionnement du microbiome et sa capacité à réguler les maladies des plantes restent encore largement méconnus. Ceci est encore plus vrai si l’on se place à l’échelle de la parcelle agricole. Ainsi, l’utilisation des services rendus par le microbiome, en particulier le microbiome du sol, en agriculture passe par une meilleure compréhension des aspects fonctionnels et mécanistiques des interactions entre le microbiome, les plantes, l'environnement et les pratiques agricoles.